Typisch sind die klassischen Fakultäten oder Fachgebiete der Universitäten, die es so oder ähnlich schon im Mittelalter gab: Philosophie (Geisteswissenschaften, heute auch die philologischen und historischen Fächer), Theologie, Medizin und Rechtswissenschaften. Dazu kommen heute gesondert die Naturwissenschaften (bis in die Renaissance waren sie ein Teilgebiet der Philosophie), ebenso wie die Mathematik. Auch Wirtschafts- und Sozialwissenschaften oder Fächer wie Geographie bilden Fachgebiete. Neben Universitäten gibt es Hochschulen, die zwar auf universitärem Niveau lehren, nicht aber die Bezeichnung „Universität“ führen, da sie sich auf ein Themengebiet beschränken. Dazu gehören Technische Universitäten (TU) und Kunsthochschulen sowie (Tier-) Medizinische Hochschulen. Außer staatlichen gibt es auch private Universitäten in Deutschland.
Daneben gibt es das auslaufende Modell der Gesamthochschulen in Hessen und Nord-Rhein-Westfahlen. Hier sind Universitäten mit Fachhochschulen zusammengelegt. In den 70er Jahren kam der Typus der Fern-Universität zum Uni-Kanon hinzu. Zusätzlich gibt es in Deutschland zwei Universitäten der Bundeswehr (UniBw). Die meisten Offizieranwärter der Bundeswehr studieren an einer der zwei. Die beiden Universitäten bieten nahezu alle Fächer, die die Bundeswehr für ihre Mitarbeiter benötigt. An diesen Universitäten können auch Fachhochschulabschlüsse erworben werden.
Formen der Lehre an Universitäten sind vor allem Vorlesungen, Seminare und Übungen oder Tutorien, in denen die Inhalte aus Vorlesung oder Seminar vertieft werden. Während in der Vorlesung fast nur Dozent oder Dozentin vor vielen Studenten sprechen, die zuhören und mitschreiben, sollten in Seminaren weniger Personen anwesend sein. Das Seminar ist zudem interaktiver gestaltet als die Vorlesung. Daneben gibt es so genannte Exkursionen. Vor allem in Fächern wie Geographie oder Geschichte unternehmen Dozenten zusammen mit ihren Studenten zum Zwecke der Lehre solche Reisen vor Ort.
Zwar fordern viele Studiengänge mittlerweile auch Praktika für die Anmeldung zur Prüfung, Praxiserfahrung ist aber an der Universität weniger zentral als an einer Fachhochschule. Im Mittelpunkt an der Uni steht das wissenschaftliche Arbeiten. Dieses stellen Studenten in Referaten, Hausarbeiten und Klausuren unter Beweis, um dem angestrebten Abschluss näher zu kommen.